在新生ALO中,桐人、亚丝娜和结衣谈到了鲸鱼,从没有见过鲸鱼的结衣对鲸鱼非常感兴趣,为了帮助结衣桐人想到了新生ALO中海边的任务。不料直叶却不会游泳,为了能正常进行海边的任务大家决定对直叶进行游泳特训。与此同时,桐人被菊冈诚二郎以“心理咨询”的名义骗至心理咨询室,并从桐人处详细调查了“SAO”和“ALO”等事件。桐人离开菊冈诚二郎处后登入新生ALO与大家一起进行了“深海掠夺者”的任务,最终返回时结衣如愿以偿地见到了鲸鱼。后桐人再次接到了菊冈诚二郎的电话。(打算委托桐人调查“GGO”,此时剧情进入“幽灵子弹篇”)。1949年,多灾多难的神州大地迎来曙光,经过绵延数年的战火,中国共产党终于夺取了政权,建立了新中国。然而广袤的土地上仍有包括国民党在内不少残余势力的存在,因此我人民子弟兵依旧在各地浴血奋战。湖南湘西,祖国民风骠悍,此地不仅有国民党中统的势力盘桓,更有多如繁星的土匪纵横跋扈。这一日,搭载着战备物资和文工团战士的军车驶入湘西凤尾山,向着共军第79团的营地前进。以司徒慧为代表的文工团战士们载歌载舞,歌唱美好的明天,却全然不知危险正在逼近。土匪乌九率众袭击了军车,掠去物资,并将司徒慧等人抓为俘虏。
司徒慧是国民党老左派司徒澜的独女,其身份之特殊引起各方关注。司徒澜数日后将从香港来至北平参加第一次全国政协会议。为此,共产党派出连长丁立峰率队营救司徒慧,而中统少校冷汉章也奉命干预,以阻止政协会议的召开。三方角力就此展开……。