进入了明治时代,曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心(佐藤健 饰)已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天,倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通(宫泽和史 饰)将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实(藤原龙也 饰)当年被新政府背叛,侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。大久保死后,深感背负不可推卸责任的剑心只身上路,在途中不仅偶遇京都女忍卷町操(土屋太凤 饰),还在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。与此同时,相乐左之助(青木崇高 饰)、神谷薫(武井咲 饰)、明神弥彦(大八木凯斗 饰)、斋藤一(江口洋介 饰)也相继赶往京都。阴云密布的时代,酝酿着一场席卷全国的风暴……
本片根据和月伸宏的经典漫画原作改编。。窪の短編集「水やりはいつも深夜だけど」に収録されている「かそけきサンカヨウ」は、家庭環境のせいで早く大人にならざるを得なかった高校生・国木田陽の葛藤と成長を描く物語。。故事发生在南诏王阁罗凤重病,其孙异牟寻准备登基为王时期,阁罗凤之子凤伽异早逝,其子异牟寻聪慧能干,善于抚慰百姓,但因异牟寻年纪尚轻,内有众多大臣不愿归顺于他。只有阁罗凤之前俘虏的郑回一直感恩阁罗凤不杀之恩还予以重用,对异牟寻也处处关心照顾。阁罗凤临死前立南诏德化碑,表明叛唐出于不得已,愿与唐世代友好,异牟寻也早有此意,但是南诏当时还有很多大臣反对归顺大唐,两种主张、两派势力早已明争暗斗,故事就是在这样的背景下诞生的,势单力薄的南诏想归顺大唐,将归顺之意秘密送达并得到大唐的支持,一路上凶多吉少,杀机四伏······。