杰米的母亲早早地过世了,她从小就缺少家庭的温暖,并且不被社会重视,并且十分倔强任性的黑人女孩,她有一个好闺蜜莉安,两人总是形影不离,四处闲晃,没事就搞搞恶作剧。社工林赛自愿申请照看和督导这些叛逆的边缘少年,于是她遇上了杰米和莉安。在和两人相处的过程中,她发现杰米拥有美妙的嗓音和过人的音乐天赋,然而莉安却是一个情绪极其不稳定,并且嫉妒心很强的叛逆少女。林赛和莉安发生了激烈的冲突,而加在中间的杰米,一方面被林赛打动,另一方面却放不下挚友莉安。在林赛的鼓励下,杰米参加了合唱团,并体验了前所未有的信任感和归属感,音乐让她快乐。与此同时,莉安却愈发过分,在合唱团排练的时候生硬的闯进音乐厅,甚至带着杰米去舞厅喝酒。眼见着杰米再一次走向边缘,林赛没有放弃,再次把她拉回了温暖的怀抱。一场心灵重塑之旅就此开始。。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。