1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。高中生水原诚为园游会作准备,开始设置一些实验装置,但另一方面将诚视为对手的学生会长-阵内克彦,为了恶搞他而企图破坏,但反而让装置失控、结果诚、阵内、阵内的妹妹菜菜美及教师藤泽四人被一道光芒传送到异世界耶路哈萨德。在被传送到异世界后,诚和藤泽偶然间拯救了被怪物袭击的少女。那个少女正是罗舒大利亚王国的伦公主。被带到王国的诚和藤泽,为了找出回到原来世界的方法而滞留在这、并且还被卷入罗舒大利亚王国跟巴克罗姆王国(士兵皆为人型大小的昆虫型态)之间的战争,之后两人也奇迹式的遇到菜菜美和阵内,菜菜美也正式加入罗舒大利亚的势力。。