工藤新一,米花高中二年级学生,与小兰是青梅竹马,两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力,被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说,最崇拜福尔摩斯,另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869,但是没有死,只是变成了小孩,改名江户川柯南(取自两个侦探小说里的人名)。幸亏智力没有衰退,还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索,而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班,认识了步美、元太、光彦三人,还成立了少年侦探团。不管是变小前后,都是音痴,唱歌走音非常夸张。知道他真实身份的有:阿栗博士、他父母(听博士说的)、服部平次(与柯南一起破案过程中自己发现的)、怪盗Kid(与柯南的较量中自己发现的)、灰原 哀(变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的)。因为变小后有和小兰一起洗澡,还睡同一张床,所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道,否则小兰的空手道攻击可不是说笑的.。本季讲述白客公司为了盈利而策划了灭鼠计划,舒克贝塔在营救兔子警官和报社老鼠头版头条过程中意外发现了白客公司灭鼠计划。得到舒克妈妈的指引后,舒克贝塔决定前往交易市场寻求加西的帮助。世代都守护着交易市场的加西,手下不仅有超高智商的路通博士也有身手了得的金牌守卫方猎猎。新伙伴的加入,舒克贝塔的营救行动得以展开,但舒克贝塔与加西因为彼此观念分歧而分道扬镳,海盗的回归对营救行动增加了难度,鼠族与人类的生命都受到威胁。在琪琪和皮皮鲁的帮助下,舒克贝塔齐心协力再一次打败海盗,营救了白客公司的员工和鼠族同胞,但却掉入路通的复仇陷阱。最终路通在加西奋不顾身救自己的情形下释然,有关拯救的故事。。