十九世纪,罗马尼亚存在着一个人鬼共存的神秘地带——特兰西尼亚古镇。镇上有一支邪恶势力在天黑后统治着该地区,那就是吸血鬼德古拉领导下的妖魔鬼怪。他们一到日黑就出来大肆杀戮,手段异常残忍。更加恐怖的是,这个队伍在不断壮大中,噬血的科学怪人也不远万里投靠了德古拉。
罗马尼亚的天主教在多次征剿失利后,远赴美国请来了吸血鬼猎人范海辛。范海辛带着助手前往特兰西尼亚途中,巧合下救了另一位吸血鬼女猎人——安娜。安娜因为家族世代受到德古拉的诅咒而家破人亡,从小练就了一套猎鬼本领。安娜和范海辛一拍即合,共同前往对付德古拉……。游城十代在前往决斗学院实技测验的途中,偶遇了传说中的决斗者武藤游戏,并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时,一个名为七星的神秘团体出现了,它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。
游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者,与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一,十代打败大德寺老师,彻底挫败了七星的阴谋,并得到贤者之石的卡片。
三幻魔事件结束后,原来的伙伴们相继离开决斗学院,一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响,无法进行卡牌决斗。之后,游城十代遇到了来自新空间的使者,找回了对决斗的热忱与兴致。
不久后,前往童实野町毕业旅行的十代一行人,被强迫接受斋王美寿知的考验,并得知了“光之波动”的真相。回到决斗学院后,鲛岛校长宣布新世代大赛开幕。这场原本只是让学生和职业决斗者交流,进而提升决斗能力的活动,却意外成了关系到地球存亡的事件。在最后的对决中,十代向斋王挑战,成功打败被“破灭之光”操控的斋王,拯救了世界。。