心理医生周文(张国立 饰)有一个和谐的三口之家,不料看似平静的生活随着葛云峰(吕凉 饰)的出现发生了惊天逆转。原来,多年前葛妻不堪家暴虐待,曾找周文做过心理咨询,但最终无法解开心结,带着儿子离家出走,途中遭遇车祸,儿子当场死亡,葛妻也变成了半个植物人。葛云峰把这一切都归罪于周文这个所谓的狗屁心理医生,他偷走了周文的儿子,把他当成故去的儿子养着,待妻子病故后,他开始实施报复周文。他先是唆使患者家属将周文告上法庭,又蛊惑他人挑拨周文夫妻关系,均以失败告终,恼羞成怒的葛云峰使出了最下三烂的手段,他迷奸了周妻余可非(吴越 饰),致使二人夫妻关系彻底破裂。葛云峰接着变本加厉,又策划出更毒辣的阴谋......。故事设定在以1960年代为灵感的复古未来世界,“漫威第一家庭”神奇先生、隐形女、霹雳火和石头人面临迄今为止最艰巨的挑战。他们必须在英雄角色和家庭关系之间取得平衡,同时保卫地球,抵御名为行星吞噬者的贪婪宇宙神及其神秘的使者银影侠。而当行星吞噬者计划吞噬整个星球及所有人,没有人可以置身事外。。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。