在1万年之前,人类历史上曾有一个特殊的科技大陆叫亚特兰蒂斯,但是突然一夜之前沉入海底。1万年后,一群好奇的海洋生物学家乘坐飞机遇到百慕大三角时遭到迫降,大难不死的他们很快意识到自己已经误打误撞进入了失落的亚特兰蒂斯城。他们非常的兴奋,这个意外的成就一定能让他们名垂青史。但很快他们发现这个城市对外来的人员并不友好,这里的统治者和普通居民正计划利用几个世纪以来落入百慕大三角地带那些成堆的武器和技术器材来重返人类世界,并成为这个世界的主宰者,而海洋生物学家们也在利用自己的智慧奋力阻挡着这群人的疯狂行为。。富士山南麓的名琅莊是伯爵古館種人的鄉間別墅,一向以貴族的奢侈生活、諸多美女粉黛和神秘的地道而遠近聞名。二十年前,古館種人的兒子一人伯爵及妻子加奈子在這裏雙雙暴死;二十年後,他的兒子辰人又死在祖父留下的豪華馬車上,隨後慘案接二連三地在名琅莊發生了,連一向機智過人的大偵探金田一耕助也如墜入雲裏霧中…。