《黑狼行动之迷你侠》主要围绕主人公阿强(张强饰)的励志故事展开。据说阿强出生时,小山村上空电闪雷鸣,这赋予了阿强能放电的超能力,也因此阿强的身高永远维持在不足一米的高度。八岁的阿强在艺校里结缘阿娟(欧宇宁饰),两人相依练舞不离不弃。然而美好的时光总是短暂的,这对青梅竹马也在阿强进城发展后分别。 不料阿强所在的剧组惨遭黑狼(时晓飞饰)设计破产,阿强开始了颠沛流离的生活,而就在一次逃命中,阿强被伪装成道具师的特警教官三哥(张琼饰)搭救并收留。另一边,长大后的阿娟成了一名警察,奉命潜入黑狼身边寻找犯罪证据和病毒芯片。阿强和阿娟在黑狼投资的电影的片场相遇,阴差阳错之下,储存着制作变异病毒方程式的芯片落在了不知情的阿强的口袋里……阿娟和三哥的身份被黑狼识破,黑狼绑架了阿娟逼三哥交出病毒芯片,医学博士已成功研发出初代病毒,重重危机令三人陷入绝境……。1話から16話までのシリーズ前半の話を中心に、30分にストーリーを凝縮。「ワルシャワ・フィルハーモニーオーケストラ」のサウンドに載せて構成。平和だった竜宮島に、突如金色に輝く敵・フェストゥムが出現。「あなたはそこにいますか・・・」の問いかけとともに、人類は戦いの渦に巻き込まれる。フェストゥムを倒すことのできる唯一の力・ファフナーに搭乗して、一騎は戦いを強いられる。戦うことが日常になっていくことに疑問を抱き、島を出て行く一騎。そして、彼の友総士。様々な葛藤を乗り越えて成長していく、主人公たちの姿を鮮やかに描く。。