故事发生在一座名为贝斯厄尔城的虚构的城市之中,和这座城市相对的,是厄尔科马城。这两座城市的人被规定禁止相互产生联系,他们要对彼此视而不见,假装对方完全就不存在,企图跨越界限的行为被视为是不可打破的禁忌。一天,一名就读于厄尔科马城大学的女学生的尸体被发现横陈在贝斯厄尔城的街头,贝斯厄尔城极端暴力案件调查组的泰亚德警探(大卫·莫瑞瑟 David Morrissey 饰)负责调查此案,结果被卷入了两座城市的政治斗争之中。 贝斯厄尔城的的克洛维警探(曼蒂普·迪伦 Mandeep Dhillon 饰)也参与了调查此案,两个本来一辈子都会当对方不存在的人开始产生了交集。。由“拉格那母星”生存下来的人与其他漂流在宇宙中的人组成“银河漂流舰队”,为了找寻适合生存的星球,派遣出“宇宙少年骑士团”四处寻找。李昂(白石冬美 配音)等四人被派到太阳系而发现了地球,无意间将正在“星际大奇航”游戏中的胖虎与小夫带进所搭乘的太空船中离开了地球。哆啦A梦与大雄、静香为了救出他们,乘坐“宇宙救护船”追了下去。但是在途中因为空间跳跃时遭到强力电磁波击中,导致太空船损毁。幸而李昂的太空船亦在相同地方也是因为跳跃装置故障而停滞,哆啦A梦等人因此而进入了李昂的太空船,恰巧与胖虎和小夫相遇。当李昂一行人回到了“银河漂流舰队”前,发现与原先舰队中多出了以李昂的父亲李贝尔特(有本钦隆 配音)为首的“独立军”,这个独立军的目的就是要以武力侵略适合生存的星球,他们经由派出去的间谍佛蕾亚得知了地球的情报,并且计划要进攻地球,大雄一行人将如何阻止“独立军”,从而拯救地球呢……
本片为纪念哆啦A梦进入电影电视第20周年,同时是哆啦A梦剧场版系列第19部的作品。。