良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去,但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到电王号的时侯,却发现电王号已经被牙王所劫持……
众人被迫留在过去,但最坏的情况发生了。良太郎失去了成为电王的所有记忆,桃塔罗斯也因此不能附上良太郎的身体。在机缘巧合下,良太郎遇到10岁时的自己和异魔神齐格,并且在樱井的帮助下,开始了追踪电王号之旅。
另一方面,回到江户时代的牙王成功夺得神之列车牙王号,并抓住了追来的良太郎,他坐着牙王号回到了1988年12月26日。
在1988年,良太郎恢复了记忆,但却被牙王阻挠而不能变身。正当此时,樱井带救兵出现,而救兵竟是三个不同时间线里的良太郎。于是,四个不同形态的电王同时出现,最精彩的战斗即将展开……。讲述一对恋人鸳梦难圆的感伤故事,因采用莫扎特第二十一钢琴协奏曲慢板音乐为主题,使莫扎特这首曲子知名度猛增,以至于唱片商乐谱商出版该曲时,往往会标明“Elvira Madigan”。《红色派系:起源》的故事将沿用游戏的背景和人设:自Alec Mason带领火星殖民地重获自由已经过去了25年,而他的妻子被杀,女儿Lyra被绑架也过去了12年,Alec自那时起便已是一名破碎的英雄。他剩下的唯一的儿子,Jake Mason,现在已经成为了红派民兵(Red Faction Militia)的军官,当他发现12年前被绑架的妹妹至今还活着时,他的世界被颠覆了。 即使有新的敌人蜂拥至火星,但Jake依旧决定去寻找他的妹妹,但他发现Lyra现在却成了敌对势力的一员,一个冷血的战士,发誓要毁掉红派(Red Faction)。Kate Vernon将饰演The Matriarch,入侵者的族长。。