2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。来日本学习手工制鞋的韩国青年Leon(崔珉起 饰)仿佛对周遭的一切都不感兴趣,他一门心思专注眼前的事,固守孤独而坦然随性。这一天,他在最喜欢的公园里邂逅了烂醉如泥的韩国女子宋娜(韩英惠 饰)。不知为何,Leon偏偏被这个看起来并不起眼的女性所吸引。与Leon一同工作的 日本女孩小风秋子(青柳文子 饰)憧憬着这个韩国男孩,宋娜的男友纪戊(JR 饰)就读某日语学校,他暗暗喜欢着老师幸田加奈子(木南晴夏 饰)。加奈子有一位正在交往的男友荒川巳喜男(芹泽兴人 饰),荒川坐在轮椅上,行动不便让他充满悲观情绪。以Leon为中心,七位男女各自经历着情感的波动……。在一个普通的医院里,一场突如其来的火灾,彻底改变了几个人的命运。刘姨为了拯救自己的女儿,趁着混乱,换走了富豪简夫人的孩子。从此,她的女儿简宜过上了养尊处优的生活,而真正的简家千金秦小小,却在刘姨的欺压下度过了十八年艰苦的日子。。