2044年的纽约,大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球,大量外星人通过神秘传送门入侵,将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势,死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望,忍者神龟们决定回到过去时空,找到开启传送门的钥匙,阻止朗格,恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命,他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头,并和忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合,开启了拯救世界的行动。“我们的未来,我们自己做主”,忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。。近未来,人类的各种器官均可实现移植,一时间机器人、生化人、仿生人充斥世间,与人类真假莫辨。某座繁华都市的大厦内,汉卡公司高管正与非洲来宾洽谈业务,突然宴会变成血腥大屠杀,暴走的机器人大开杀戒。隶属公安九课的米拉·基里安少佐带领巴特等手下赶往现场,平息事态。根据对暴走艺伎机器人的调查发现,被称作“久世”的神秘之人策划了这一系列的行动,而且他的目标全部指向了掌握着生化前沿尖端科技的汉卡公司及其研发人员。经过一番凶险的周旋,少佐逐渐逼近真相,同时也渐渐解开了发生在自己身上的惊天秘密……。