ガミラスの侵略を退けてから1年後の西暦2201年、白色彗星帝国が宇宙の各惑星にその侵略の手を伸ばしていた。 地球は復興をほぼ終え、都市は活気づき平和に満ちていた。古代進も護衛艦艦長として輸送補給船団に同行していたが、偶然、発信源不明のメッセージを受信する。そのメッセージは、救いを求めるような女性の声であった。かつてのヤマト乗組員たちは、危機の正体を突き止めるためにヤマトを発進させる。 テレザート星に到着した古代たちは、メッセージの発信者であったテレサを救出する。テレサは、白色彗星帝国が宇宙の星々を次々と侵略しており、次に狙っているのが地球であることを告げる。 白色彗星帝国は地球に迫り、最新鋭戦艦アンドロメダを旗艦とした地球艦隊を全滅させる。ヤマトは白色彗星の渦の中心核に波動砲を打ち込む。彗星は火の玉となって炎上するが、その中から巨大な要塞、都市帝国が...。4月。下雨的早晨。开始凋零的樱花被雨滴打落,漂浮在积水之上。学生们撑着五颜六色的雨伞,穿过高中的校门。 “早啊,莲”。鞋柜前,裤袜湿透的莲被由亚搭话。略显忧郁的莲回过头去,看到全身湿透的帆美蹦蹦跳跳地走来,热闹地说着话。3个女学生没啥营养的对话,向教室宣告了新学期的来临。 少女们无可替代的宝贵时间向前飞逝,季节渐渐转变……。