乌龙科学家韦恩(里克·莫拉尼斯 Rick Moranis饰),再次错误操作他危险的科学实验,而这回的“受害者”是他自己跟哥哥,还有他们的妻子。在这次事故中,四个大人被瞬间缩小到连葡萄干都不到的尺寸,只能用放大镜才能看见他们。他们跟“庞然大物”蟑螂斗智斗勇,更要想方设法让他们的孩子得知这个消息。可毫不知情的孩子们,丁点儿也没发现他们的家长都被缩小的事实,他们根本听不到大人们如蚊子叫般的求助声。绝望的四个大人该怎样向孩子们求救呢?
《亲爱的,我把孩子缩小了》跟《亲爱的,我把孩子放大了》的好戏意犹未尽,这回上演的是大人们的惊险奇遇记。。距离东京三百公里外的凤凰岛上,发生了一起人员被马匹踩踏而死的事件,谁知却让杉下右京(水谷丰 饰)的老搭档神户尊(及川光博 饰)找上门来。原来这座私人小岛正提供给有自卫队背景的某民兵组织作为训练基地,而该组织似乎涉嫌制造生化武器。神户受警察厅次长甲斐峰秋(石坂浩二 饰)指派,命令杉下与搭档甲斐享(成宫宽贵 饰)以调查命案的名义前往凤凰岛,暗中侦查生化武器的证据。特命系二人组在民兵组织负责人神室司(伊原刚志 饰)的引导下来到事故现场,而杉下则察觉到这起意外背后似乎有着某种人为的因素存在。
当他和随后赶来的伊丹(川原和久 饰)等人渐渐逼近事实真&相时,心怀鬼胎的政要突然命令自卫队对他们采取行动……。