第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。Dee自小体弱,常遭人欺负,直至一次遇上May。May以恐怖行为,将欺负Dee的小童吓退,自此Dee对May奉若神明,唯命是从,并从May身上学会了各种怪异行为。当其他小孩在玩着跳飞机等游戏之时,他俩已对各种小生物发生浓厚兴趣,例如用刀片剖开老鼠腹部,然后任由它流血而死。后来May跟随父母移民,被迫与大Dee分手,从此大Dee又恢复其软弱的性格,只是每次被人欺负之后,都怀念与May的一段日子……。身患绝症的许枫因意外来到了一个完全不同的世界,成为了萧家一名家丁。手握华夏至宝紫雷的他从一个玄功都没有修炼过的废物,诸般机缘巧合下,修炼华夏道玄经和符篆术,成长为保萧府、战狼族、组暗阁、建商业帝国的顶天男子汉。更赢得诸多芳心暗许!。