一场大火后,文物局司机王保银意外发现了失踪多年父亲所留下的遗物:一张龙脉地图和带有特殊号码的徽章。追查中王保银意外获悉了在二十世纪六十年代末,龙迹小组科考队在西北某爆发着瘟疫的小镇外的沙漠深处遇险,唯独一人生还。为了探寻父亲失踪的真相、解开成员失踪之谜,于是和发小胖子强、“搬山道人”郑鑫,三人一同踏上了险象重重的西行路。一望无垠的荒漠中,卷起了吞人噬骨的风暴,雾气弥漫的沼泽处潜藏着蠢蠢欲动的神秘生物。一次又一次的绝地求生后,神秘幻象出现在了王保银的脑海中,一片满是孢子的地下湖里隐约浮现着一个少女的影子;千里黄沙的地下,沉着巨大的三层八幡的古代战舰,而令人毛骨悚然的是八幡船和背后的那个古老传说……。一万年前的极限战争中,代表人类祖先的不死生物,封印了其他52只不死生物后,获得了最终胜利,人类从此得以在地球上繁衍生息。而21世纪的现在,封印被破解,这些不死生物再次苏醒了。为了阻止它们破坏人类的世界,BOARD(人类基盘史研究所)的所长乌丸开发出了假面骑士系统,用来封印那些不死生物。橘朔也和剑崎一真使用腰带变身成为假面骑士星币和假面骑士剑,就此展开了他们的英雄之战。
故事初期的橘虽然有协助对抗不死生物,但他对剑等人也是敌视的态度。第三个假面骑士卡利斯——也就是相川始,这个亦正亦邪的角色让众人的立场发生了动摇。而最后出现的假面骑士是由睦月变身的假面骑士权杖,虽然他一开始被蜘蛛不死生物控制了,但在剑和橘等前辈的帮助下,睦月终于恢复意志,成为了正义的战士。。一场无差别的街头屠杀、一宗震惊全城的医院爆炸,牵引出贩毒者与反毒者之间的角力。风雪围城下,有人不惜一切制造社会混乱,排除异己;有人负隅顽抗,誓要捅破「至善」的谎言。离别曲响起,谁能力挽狂澜?。