《天字第二號》是一部現代愛情諜報作品,結合了疫情期間因隔離產生對檢疫結果的恐慌與想像,以及導演張英的經典台語電影《天字第一號》元素;至於拍攝手法上,參考了近年美國電影《人肉搜索》或日本電視電影《雙重預約》運用的遠端拍攝與多重螢幕,用獨特的敘事方式,讓觀眾一窺疫情下專有的影像風格。。日本警视厅特殊部队(SIT)小队长濑文焚流(加濑亮 饰),在一次执行任务时遭遇队友的离奇死亡,面对高层他百口莫辩,最终被调职到公安部公安第五课——不明事件调查科。该部门专门调查一些匪夷所思的超自然案件,当然在所谓“科学昌明”的现代化社会,这也意味着第五课是一个很难得到认可的边缘部门。除濑文外,第五课只有油滑的上司野野村光太郎和智商高达201的怪女孩当麻纱绫(户田惠梨香 饰)。在此期间,预言师、神之手等各种各样拥有超能力(SPEC)的人物接连登场。
濑文在和当麻办案的过程中,渐渐趋近了一个鲜为人知且充满阴谋和秘密的未知世界……。天海化工厂四车间的捣蛋大王段玉刚(夏雨 饰)在大师兄因爆炸事故入狱期间照顾保护车间女工丁惠茹(齐襄 饰),总带着一帮哥们儿与其他车间的工人打架,不服工厂保卫科与厂领导的管束。新毕业的大学生满晓星(左小青 饰)被分配到工厂下基层实习,刚一来就在一场群殴事件中被段玉刚误伤。段玉刚 的二师兄,四车间副主任秦光明(张洪睿 饰)十分欣赏满晓星,在得知其干部家庭背景后使出百般手段开展追求,可没想到在频繁的接触中,满晓星和段玉刚竟互生情愫,令秦光明愤懑不已。再加上当年爆炸事故的宿怨,还有二者对工厂三盐设备改造未来的分歧,秦光明与段玉刚之间的矛盾愈演愈烈,师兄师弟也愈行愈远……。