本片以三岛47年来持续面对的“某个事件”为基础,从自主电影制作开始。故事以北海道洞爷湖的中岛、东京伊豆群岛的八丈岛、大阪的堂岛为背景,围绕着重要角色“丽子”展开心灵的挣扎。以“乘船而去者”、“等待船来者”、“乘船而来者”及“方舟”为主题,描绘了三位心灵受创的角色,三个故事在此交错。当分别在不同“岛屿”上进行的故事因某个共同点交汇时,惊人的事实浮出水面。。医科大学毕业的女青年王晶,因为念念不忘奶奶当年遽患小病冤死在缺医少药的农村,想留在家乡宝石乡卫生所工作,遭到父亲王大海和男朋友马剑峰的激烈反对。她只得答应暂时在卫生所实习,期间由父亲为她在城里联系工作。宝石乡卫生所所长田兴业对王晶的到来又欣喜又不安,多年来扎根农村让他失去了很多,连妻子也离他而去,因此他不想再害这个热情单纯的姑娘,对王晶冷眼相对,就连出诊也不让她去,执着的王晶却偷偷地跟着,默契地配合。没想到此举惹恼了王大海,他误以为单身的田兴业勾引他的女儿,跑来大闹卫生所……
正当王晶被田兴业的精神所感动,决定留在农村时,王大海通过马剑峰联系到工作,王晶只得到县医院报道到。可是并没有得到重用,只是做了一名导医,愤怒的王大海这才意识到农村才是女儿大显身手的地方,正在这时,独自上山采药的田兴业不慎摔倒被断竹刺伤腹部,王晶迅速赶回抢救……
王晶背起田兴业赠送的药箱,穿梭在宝石乡的崇山峻岭之中……。