1897年,大韩帝国时代动荡混沌,时有不同罪案发生,别巡检调查队四出调查,找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后,比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝,由此朝鲜便变为帝国,以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革,令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期,然而大韩帝国所追求的新价值,让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。。龙番市发生连环杀人案,死者均为女性,尸体无一例外的丢失了身体的某一部位。警法五人组秦明、林涛、陈诗羽、王伶俐和王珂不断穿梭于各大案发现场和解剖室中,寻找背后真相。暗黑的屋子,诡异的灯光,整齐摆放的透明玻璃罐里装的竟是十年前秦明女友凌月的心脏。接二连三的命案,迷雾重重的案情,秦明通过解剖尸体找寻案件线索,为逝者代言,讲述真相。面对不断杀人的凶手,最后的幸存者竟然是十年前逃过一劫的王伶俐。。