根據長篇小說《神驗》改編,展現世界法醫學第一部學術著作《洗冤集錄》的背景故事。在山河破碎、錦繡成灰的南朝亂世,宋慈,以一身勘驗斷獄的奇才和以民命為重的篤信,為塵世間揭開了一道道血腥秘密。宋慈,一位倦於宦海升沉的老人,一位晚年痛失愛女、飽受悽楚的老人,洞幽燭微之下,以自己親行力檢的一個個奇冤疑桉,為法醫檢驗的陌生領域推開一道古老而沉重的大門。。在失物招领处工作的巡查部长天树悠(东山纪之 饰)根本没有前往现场的机会,绝大多数时候都跟各种遗失物品打交道,偶尔接待一下前来参观的小学生还要被烦的不行。不过这并不代表他是个没有什么能力且无足轻重的小警察,他对细节的敏锐观察力和推断能力证明他那休眠许久的警魂仍未老去。某天,在协助临场警察解决了一起家庭主妇自杀案后,他被担任警视厅搜查一课12系系长的片冈正敏(吉田钢太郎 饰)召到自己麾下。虽然贵为搜查一课,但是12系仿佛一个不受人待见的边缘所在,有能力和抱负的刑警先后离开,如今这里仅有沙村康介(高岛政宏 饰)、山下巧(片冈爱之助 饰)、永泽圭太(铃木浩介 饰)、水田环(仓科加奈 饰)等个性十足又没什么干劲的刑警。
天树的到来,似乎终于改变了12系尴尬的局面……。故事发生在天保14年的江户。当时在老中?水野忠邦实施的财政紧缩政策之下的老百姓生活在极度困扃中。国内government的压迫,加上外国殖民者入侵的威胁,在江户的大街小巷中弥漫着一种不安的气氛。在不为世人所知的地下,存在着一个秘密的神社。这个神社表面上对外称是对外国传入的学术文化进行研究调查的『蛮社改所』,而实际上则是专门对付各国潜入日本的『妖夷』,并负责将他们秘密抹杀的government隐蔽机关。该组织的头目名为小笠原放三郎,是个醉心于“兰学”,并极力证明其实用性的学者。然而却不得不听从南町奉行?鸟居耀藏的差遣。小笠原虽然没有了得的身手,但却与有着能将汉字中蕴藏的不可思议力量“汉神”诱导而出并具现化的高超能力的“妖奇士”龙导往压等人承担着暗中保护江户的职责...。