2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。一次偶然中,文森特(樊尚·马凯涅 Vincent Macaigne 饰)邂逅了名为莫娜(歌什菲·法拉哈尼 Golshifteh Farahani 饰)的女子。文森特立志成为一名电影演员,但如今,他只能靠出演电影里的龙套角色维生。而莫娜则是在巴黎火车站卖三明治的异国移民。两个社会底层的小人物之间很快就碰撞出了爱情的火花,很快,他们就走到了一起。 幸福的日子没有持续太久,文森特发现了莫娜诡异的举动。每天晚上,她都要偷偷的只身一人前往监狱。对此迷惑不解的文森特只能向莫娜的好友阿贝尔(路易斯·加瑞尔 Louis Garrel 饰)求助,哪知道竟然就此撞破了莫娜试图隐藏的惊人秘密。。