为了祭奠死于自己手中的人,座头市继续在四国的札所一带游历。路途中被骑着马的荣五郎袭击,结果座头市又一次开了杀戒。痛心疾首的市前去拜访了荣五郎的妹妹小吉,却被知晓了前因后果的小吉挥刀相向。市心甘情愿地挨了一刀。小吉原本心地善良,便照顾起被自己所伤的市,又告诉市关于荣五郎为了还债而受命前去刺杀他的事情。。公元2500年,地球两极冰川大量消融,地球成了一片汪洋。人们只能在水上生存,建起了水上浮岛,泥土成了稀有之物。
一天,来了一个孤独的海行者,他用了一罐泥土换了淡水和番茄苗。正当他要离开时,当地人发现他竟然长着鳃和蹼,认为他是怪物,把他关了起来,准备过两天将他处死。
时日,海盗袭击了浮岛,海伦和她的养女伊萝娜没能赶上出逃的救生船,她们救出了海行者。海行者凭着过人的机智和勇敢,带着海伦和依蒙娜逃了出来。
原来,海盗的目标只是伊萝娜,依蒙娜的身世藏着一个惊人的秘密……。