安东尼娅·斯科特的智商高达242,是地球上最聪明的人。她的聪明才智使她成为欧洲一个秘密警察组织的“红皇后”,看似千里马遇伯乐,却变成诅咒,最终她失去了一切,心灰意冷地隐世。当一位有权有势的银行家的儿子被发现在自家豪宅中离奇死亡,而西班牙首富的女继承人被绑架时,红皇后组织启动。安东尼娅的前boss向脾气暴躁但心地善良的巴斯克警官乔恩·古铁雷斯求助,以请安东尼娅归来协助调查。。这是和原来不同的假面骑士历史。1973年2月10日,和邪恶组织修卡抗争的假面骑士1号和假面骑士2号面前,出现了修卡制造的最强的战士假面骑士3号。1号和2号被3号轻松打倒,修卡成功征服世界。
然后时间来到现代,由于与修卡有关联的人类已经被消灭殆尽,后世的假面骑士们的存在也分裂为正义和邪恶的阵营。正义的一方为守护剩余不多的人类而战;邪恶的则作为修卡的手下并为了消灭阻碍者而行动着。一天,修卡手下的假面骑士Drive/泊进之介遇上了假面骑士3号变身者黑井响一郎,不知怎的事情就演变成了和他一起和修卡对战。另一方面,正义的假面骑士们为打倒修卡而所必要的行动开始了。。