故事從創造兩個量子人工智能Kuro 和 Shiro開始:柯博士打造出兩名量子Al黑子與白子,是為了讓他們陪伴博士的漸凍人兒子一起成長。在歷經了Q18的五個單元故事之後,黑子白子逐漸學會了人性,並演化出意識與感情。他們也透過連結量子電腦與人腦,幫助漸凍症少年擄獲了愛情與友誼。 但就在這美好的烏托邦來臨時,博士卻認為科技已經失控,決定親手毁滅掉黑子與白子⋯⋯。来自异次元的种族MU占领了东京,并将城市隐藏在巨大的防护壁之后,他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外,名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。。在一次梦境重现之后,塞维琳决定离开她的男朋友汤姆几天。汤姆与一个在酒吧里遇到的男人达成协议:塞维琳将会被绑架,而汤姆则将把她从绑匪的魔爪中解救出来,从而成为她的救星。然而汤姆不知道,他的这位新朋友对塞维琳有另一个不同的计划。面对暴力的罪行和她自己原始的恐惧,塞维琳被卷入了一个永无尽头的残暴游戏,踏上了寻找真爱之路。(豆瓣电影字幕翻译2.0小组)。