阿鲸受奸人蒙蔽误入黑旗军成为一名刺客,她不堪替宇文护作恶而决意脱离黑旗军,但她的家人却因此惨遭宇文护戕害。机缘巧合下,逃亡中的阿鲸冒充外族公主嫁入后宫,并和傀儡皇帝宇文邕、不甘为棋子的后妃李娥姿结为同盟。为匡扶正义,解救天下受苦苍生,他们绝地反击,铲除奸佞宇文护。至此百姓安居,天下大定。。1991年6月29日(土)に東宝系にて劇場公開作品。
TV版のラストから3年後のストーリー。テレビ版から続投するのはナディアとジャン、グランディス、サンソン、ハンソンの5人だけであり、マリーやキング、エアトン、エレクトラを始めとするノーチラス号乗組員はナディアの回想シーン以外では登場しない。この回想シーンは映画序盤で断続的に30分ほど続き、作画はテレビ版の流用である。TV版最終回で存在が明らかになった、エレクトラとネモ船長の子供も登場しない。
当初はガイナックスが制作する予定だったが、監督の庵野秀明はテレビ版で燃え尽きたとして担当せず、プロットとキャラクターデザインを作った段階でガイナックスは予算を使い果たしてなお完成させることができず、残りをグループ・タックが制作した。ガイナックスはプロットとデザインの他、劇中のテレビ版のダイジェストの編集のみを担当。そういったドタバタが災いしてか、映画自体は高い評価は得られなかった。武田康廣の回想録によれば、このときグループ・タックに踏み倒した格好の5000万円が返済されるのは『新世紀エヴァンゲリオン』のヒット以降になる。。