在幻影忍者们齐心协力击退飞天海盗之后,忍者世界恢复到往日的和平。忍者们认真地进行日常训练,但大地忍者 - 寇,似乎有什么心事困扰着他。寇在过去的战役当中,被邪恶的杨大师变成了幽灵,原本他还以为自己已渐渐习惯幽灵形态,但他却惊觉自己有可能随时会消失不见,仿佛不曾存在过一样。就在这个时候,他又听到了杨大师的呼唤,发现杨大师正在进行一个阴谋,企图将过去曾被忍者们打倒的强大魔头们全都召唤回忍者世界!面对多个过去的死敌同时袭来,幻影忍者们能招架得住吗?而寇,是否能够渡过这次的难关,继续存在于这个世上呢?。1945年4月,第二次世界大战接近尾声。日本方面,业已77岁高龄的铃木贯太郎(山崎努 饰)经天皇裕仁(本木雅弘 饰)的劝说,同意出任新一届的首相。在随后的组阁中,陆军大将阿南惟几(役所广司 饰)确认为陆军大臣的人选。在此期间,希特勒饮弹自尽,欧洲战场尘埃落定,日本站在了历史的十字路口。以畑中健二(松坂桃李 饰)等少壮派军认为代表的主战派摩拳擦掌,等待和同盟国进行本土决战。政府高层方面则出于各种考虑,就是否终止战争进行激烈讨论。东京大空袭、《波茨坦公告》、长崎-广岛原爆。
时间一分一秒流逝,各方势力的碰撞也到了关键时刻……。