第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。在前一季里面,为了摆脱仇杀,杰克(基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰)利用计谋脱离,隐姓埋名过着普通的生活。然而,随着前总统大卫·鲍尔默(丹尼斯·海斯伯特 Dennis Haysbert 饰),前同事米歇尔(蕾可·艾尔丝沃斯 Reiko Aylesworth 饰)和托尼( 卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰)相继被杀,最后一位知道杰克还活着的同事克洛伊(玛丽·莱恩·莱杰斯库 Mary Lynn Rajskub 饰)也受到了死亡威胁。不得已,克洛伊拨通了杰克的电话,想找他寻求帮助。而在克洛伊和杰克见面时,杀手出现,杰克最终以不凡的伸手抓住了追杀他们的人。并从其口中逼问出,原来刺杀前总统是他们的主要任务,其他目标只是为了能将调查的矛头指向杰克,让杰克成为这次刺杀任务的替罪羊。杀掉前总统,目的也是为了灭口,不想前总统公布某些事情。那前总统到底想说什么呢?杰克不得不抛弃目前的平淡生活,再次卷入一场惊天阴谋中。。