1930年代,以欧洲为中心突然出现的人类之敌“涅洛伊”。能够对抗以通常的兵器难以破坏的涅洛伊的,只有被称作魔女的、拥有特殊魔法力的少女们而已……。1944年9月,在以第501统合战斗航空团“Strike Witches”为中心的联合军活跃之下,高卢共和国上空的涅洛伊巢穴消灭,欧洲西部的安全得到了确保。以此为机,联合军开始正式计划对欧洲中央—东部方面的反抗作战。在欧拉西亚帝国彼得堡构筑了基地的,第502统合战斗航空团“Brave Witches”也被下达了出击的命令。背负人类的希望,充满勇气的魔女们,在东欧的寒空中巡航。。讲述的是一个有关抗争与抉择的故事。能源之光即将消灭殆尽的宇宙,系出同源的光盟与影盟仍因为彼此的理念冲突而争斗。光盟战士叱风云与影盟盗猎团夜旋风察觉到,挽救宇宙的希望就在地球上。双方在地球展开绝体绝命的激战。然而就在这时,叱风云却在无意间发现,这个宇宙秘宝竟来自于光盟内部。它为什么一直被隐瞒?又是由谁将它带到了地球?黑暗正在蔓延,叱风云渐渐发现,自己要面对的,居然正是一直以来所深信的“正义”。战争的硝烟越渐越浓,谁能在这之中,保持自己,做出无悔的选择呢……。