春休假期,东京某小学的学生在小田桐理香老师(西田尚美饰)的带领下来到一座寺院宿营。男孩女孩们欢声笑语,吵闹不断;寺院住持(米仓齐加年饰)慈祥可亲,平易近人。宿营的最后一日4月4日,作为宿营的保留节目,夜晚的试胆游戏自然必不可少。孩子们用心准备,而寺院小偷浅野和成(野村宏伸饰)则趁乱盗走这里的镇山之宝。一名学生进入附近的小学,意外中止了钟楼的齿轮。黑暗瞬间笼罩这座小山,忙打乱撞进入校舍的真弥(细山田隆人饰)、阿司(阿部大和饰)等人以及小偷将遭遇人面犬、花子等传说中的恶灵。百鬼夜行,恐怖之夜拉开序幕…… 本片根据常光彻的同名小说改编。。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。