2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。西部拓荒时代为背景的爱情温馨小品。这篇是由神北克的原创故事「亚弥王」所改编。双头魔怪天魔为了实现统治宇宙的野心,指使天魔族攻打拜鸟族。然而,凤凰神女即将临盆,神力不足,眼见族人接连伤亡,她不得不在战乱中产下巨大的凤凰蛋,随后化身火凤凰与天魔激战,最终不幸身亡。天魔重伤,被困在魔茧中,急需吸取凤凰的血液来破茧而出,于是新生的凤凰女一梅吟霜(潘迎紫饰)成为了他的追杀目标。爱好和平的幻波公子深知天魔的威胁,急忙派遣随身的千年神兽嘟嘟协助吟霜,因为她是唯一能挽救世人的希望。不料,嘟嘟在一次意外中落入侠盗锺豪手中,幸亏不老族的不老翁和先知们得知了神兽的出现,积极展开救援,然而多次尝试都徒劳无功。就在绝望之际,嘟嘟施展彩色屁功成功逃脱,真是吉人自有天相。 与此同时,鸟人阿鸿承担起照顾吟霜的责任,没想到天魔族的女巫蛇魔女为了获取凤凰血永葆青春,利用魔法使阿鸿听命于她,准备加害吟霜。关键时刻,阿鸿却于心不忍,最终以兔血向蛇魔女交差,结果让...。