贫苦的冉·阿让为了挨饿的孩子去偷面包,结果被判处19年的苦役。出狱后,走投无路的他偷走了收留他过夜的主教的银器潜逃,被警察捉回。主教声称银器是送给他的,使他免于被捕。主教的言行感化了他,他化名马德兰,从此洗心革面奋发向上开始新生活。但缉拿过他的警长沙威却一心要找他麻烦。在得知了芳汀的悲惨遭遇后,他承诺照顾她的私生女柯赛特。八年后,柯赛特爱上了共和派青年马利尤斯,轰轰烈烈的巴黎人民起义爆发了,无赖德纳迪埃和他又狭路相逢,而多年来从未放弃追捕他的沙威又出现在他的面前……。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。