由于父母离异,刚满10岁的忠志只好跟母亲来到乡下跟外公一起生活。一次偶然,忠志参拜神社时被选为“麒麟送子”。当地有个传说,被选为麒麟送子的孩子可在大天狗山顶,拿到传说中大天狗守护的飞剑。传说那飞剑是用来维护和平的,伙伴们揶揄他不敢上大天狗山取麒麟送子的宝剑。他在尝试一半后,被吓回来。
另一方面,千年魔人加藤保宪复活,他利用废旧物品的怨气,将其与抓来的妖怪们扔到大怨灵炼火中融合形成邪恶的怪物军团,并率领它们企图毁灭人类。在山神、河童和川姬等妖怪的努力下,忠志通过了考验。为了保卫世界,忠志决定和妖怪们齐心合力,和大恶人决一死战,妖怪大战争正式展开!。关原之战后35年,日本在变迁的时代中逐渐恢复和平。然而,某天突现可怕的怪物——“群凶”,它们袭击人类,以血肉为食。幕府秘密派遣讨伐队剿灭群凶,并将相关地域焚毁掩盖真相。 远离纷乱的多胡宿,曾是忍者的凛(木村文乃饰)隐姓埋名,作为医生源三郎(高桥克实饰)的助手,与无血缘关系的养女时(田牧空饰)平静生活。某日,为了获取治愈时病症的药,凛远行至某村,却发现那里血迹斑斑、尸骨遍地,恐怖异形的群凶袭来。这一刻,她的悲痛往事浮现脑海。为了保护如亲生女儿般珍贵的时,凛踏上了一场生死未卜的旅程。与此同时,一个仍保有人类意识,却变成“半群凶”的男子士郎(田中树饰)被世人厌恶幽禁。他苦于不知自身来历,为了解开身世之谜,踏上了寻找某人的旅程……。