在遥远的过去,因开采无限能源而招来涅加尔的侵袭、流亡至地球的异星幸存者,为地球创造了神代遗迹及文明延续至今。当地球面临同样的危机时,封存在遗迹中的巨大机器人苏醒,为了寻找在涅加尔袭击中下落不明的姐姐,李星澜以候补生的身份加入了最前线的AG部队。。丈夫死后,钱达带着女儿独自生活。当女儿阿佩克沙进入新学校后,她开始结识一些不良群体、荒废学业。钱达非常失望,不断的鼓励却让她的反叛情绪愈加滋长。她决定跟女儿一块去上学,但同学们投来的奇怪眼光让女儿阿佩克沙更觉得尴尬,情况变得更糟起来……。城市在恢复平静后,大反派重新召集旧部卷土重来,并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球,忍者神龟李奥纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗琪罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、弗农·芬威克,及面具义警凯西·琼斯并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后,他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合,发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时,他们发现自己正面临着一个力量强大且更加邪恶的大反派格朗,神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。。