某年的圣诞夜,大批民众聚集到某栋大厦门外,抗议国家与库赞共和国的纯净水合作计划。与此同时,交通网络以及相关电子系统遭到入侵而全面失灵,随后更有维持治安的警察掏枪射击抗议民众。值此危急时刻,公安九课少校的草薙素子(坂本真绫 配音)率领队员巴特(松田健一郎 配音)、陀古萨(新垣樽助 配音)等人迅速展开行动,与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队,还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害,公安9课课长荒卷大辅(塾一久 配音)在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相,在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事……
本片根据士郎正宗的原作改编。。位于南洋腹地的一个无名小岛,隐藏着一个科技发达的实验室。实验室中,一个未知的生命正在孕育。此前不久,疯狂的科学家们在某个远古遗迹提取到了最强宝可梦梦幻的基因,随后利用现代科技,提供基因提升改造,人工创造了无可匹敌的宝可梦——超梦。超梦诞生之初,对自己的命运倍感困惑。一个心怀叵测的男人出现,用花言巧语哄骗了超梦,使其和自己联手操控世界。然而无论打败多少对手,超梦仍然充满困惑,不知自己是谁,为何拼命战斗,又为何降生于世。当他的困扰达到顶点之际,超梦再度暴走,回到了当初诞生的小岛,心中充满了无限的憎恨……。