《深空九号》的设想萌发于1991年,就在吉恩·罗登伯里逝世之前不久。《深空九号》的故事发生在一座太空站深空九号上(前卡达西人采矿站“Terok Nor”),由星际联邦和贝久政府共同管理,而贝久星不久前才刚从卡达西人的殖民统治中解放。根据作者之一的伯曼介绍,他和皮勒本来设想的是以一个殖民地行星为故事背景,但是他们认为一个太空站可以吸引更多的观众,并节省更多用于外景和星球表面上拍摄的资金;与此同时,他们也十分不希望这个新电视剧是发生在星舰上的,因为当时《下一代》仍然在播放中。用伯曼的话说,就是“同时有两部电视剧——两组角色——都在朝着前人所未至的领域进军,看起来真有些荒谬可笑。”。1950年,美国某岛上的一位当地居民卡尔夜间出海捕鱼时身亡,警长认为此事疑点诸多,颇有排日倾向的法医将日裔居民宫本一雄牵入此案,法院随即对宫本展开审判,岛报记者伊斯梅尔(Ethan Hawke 饰)因个人关系对审理十分在意,原来宫本之妻金田初枝(工藤夕贵 饰)是伊斯梅尔青梅竹马的恋人,后来美日宣战,岛上的日裔居民开始遭受排斥,金田一家也受到了不公对待,被遣往集中营看押劳动,伊斯梅尔仗义执言反被同胞威胁,这段恋情不得不随之终结。伊斯梅尔查询事发当夜岛上的天气记录,得到了比尔是死于意外的重要证据,但这就意味着他与初枝的复合再无可能。随着审判的进行,越来越多的证据指向宫本,同时平息不久的战争让当地人对日裔怀着有色眼镜看待,伊斯梅尔反复考虑做出了最后的决定……。