18岁那年沈瑕父母被毒贩杀害。为保护弟妹,她伪造火灾现场,独自背负血仇。为报仇她忍痛将弟妹送养,伪装成自私懦弱的废物暗中追凶。48岁沦为恶名昭著的罪犯,被弟妹怨恨。三妹用脑机技术直播提取她记忆公开"审判",二妹代入长姐视角后,发现了震撼真相。20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。